Instytut Matematyki i Informatyki istnieje od początku istnienia Uczelni oraz Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego, tzn. od 1971 roku. Początkowo Instytut funkcjonował jako Zakład Matematyki. Z początkiem lat 80-tych Wydział przyjął strukturę instytutową, powołując (oprócz Instytutu Fizyki oraz Instytutu Chemii) Instytut Matematyki.
Instytut (wcześniej Zakład) Matematyki od początku istnienia sprawuje opiekę merytoryczną nad kierunkiem studiów matematyka, który początkowo był prowadzony na poziomie jednolitych studiów magisterskich, w formie studiów dziennych i zaocznych. Studia na kierunku matematyka od początku są prowadzone według specjalności nauczycielskiej. W tym czasie wykształciła się dużą ilość nauczycieli matematyki, którzy zasilili szkoły nie tylko regionu częstochowskiego. Od 1993 roku studia na kierunku matematyka są prowadzone na poziomie studiów pierwszego stopnia (studia licencjackie). W roku 2003 Instytut poszerzył ofertę edukacyjną wprowadzając na kierunku matematyka drugą specjalność – matematykę finansową. Od roku akademickiego 2002/2003, wobec małego zainteresowania studiami zaocznymi, studia na kierunku matematyka odbywają się tylko w formie studiów stacjonarnych.
W 1995 roku uruchomiono na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym studia na kierunku informatyka, powierzając opiekę merytoryczną nad nowym kierunkiem studiów Instytutowi Matematyki. Początkowo studia na kierunku informatyka były prowadzone na poziomie studiów pierwszego stopnia (studia licencjackie), w formie studiów stacjonarnych i niestacjonarnych. Studia prowadzono według dwóch specjalności: oprogramowanie komputerów (w 2008 roku zmieniono nazwę na inżynieria oprogramowania) oraz nauczycielskiej. Od roku akademickiego 2004/2005 studia na kierunku informatyka są prowadzone również na poziomie studiów drugiego stopnia (jako uzupełniające studia magisterskie). Obecnie studia drugiego stopnia są prowadzone według następujących specjalności: inżynieria oprogramowania, nauczycielskiej, grafika komputerowa i multimedia oraz technologie internetowe. Na studiach pierwszego stopnia studenci mogą obecnie studiować według jednej ze specjalności: inżynieria oprogramowania, nauczycielskiej lub bioinformatyka.
Od początku istnienia Instytut Matematyki zatrudniał matematyków. Od połowy lat 90-tych, w związku z uruchomieniem kierunku informatyka, Instytut rozpoczął budowę kadry dydaktycznej na ten kierunek. Obecnie kadrę pracowników Instytutu tworzą dwie grupy zawodowe: matematycy oraz informatycy. W końcu lat 90-tych Instytut Matematyki zmienił nazwę na Instytut Matematyki i Informatyki.
Od początku istnienia w Instytucie pracowało, lub nadal pracuje wielu profesorów o uznanym autorytecie w środowisku matematycznym oraz informatycznym. Można tutaj wymienić nazwiska takich profesorów jak: Leonard Bolc, Grzegorz Bryll, Roman Ger, Jerzy Górski, Katarzyna Hałkowska, Mieczysław Kucharzewski, Janusz Matkowski, Jurij Povstenko, Stanisław Surma, Oleg Tikhonenko, Tadeusz Trajdos, Jan Zygmunt. Profesorowie tej klasy wyznaczają wysokie standardy w zakresie badań naukowych oraz pracy dydaktycznej i wychowawczej. Wprowadzając do Instytutu nowe kierunki badań naukowych profesorowie Ci wykształcili wielu swoich uczniów, w tym wielu doktorów, którzy do dzisiaj pracują w Instytucie.
Prowadząc badania naukowe oraz działalność dydaktyczną nasz Instytut współpracował lub nadal współpracuje z innymi ośrodkami akademickimi w kraju. Należą do nich: Uniwersytet Śląski, Uniwersytet Opolski, Uniwersytet Pedagogiczny w Krakowie (dawniej Akademia Pedagogiczna), Uniwersytet Wrocławski, Uniwersytet Zielonogórski. Badania naukowe w zakresie informatyki są prowadzone przy współpracy z Instytutem Podstaw Informatyki PAN w Warszawie, Uniwersytetem Łódzkim oraz Akademią Podlaską.
Rokrocznie począwszy od 1997 roku Instytut Matematyki i Informatyki organizuje konferencję p.t. „Zastosowania Algebry”. Początkowo konferencja miała zasięg ogólnopolski. Zwiększające się z każdym rokiem zainteresowanie tą konferencją sprawiło, że w 2004 roku konferencja zmieniła nazwę na „Applications of Algebra” przyjmując status konferencji międzynarodowej.
Od roku 1994 Instytut organizuje inną konferencję o zasięgu międzynarodowym p.t. „Polish-Czech-Slovak Mathematical School”. Początkowo konferencja była organizowana wspólnie z Katedrą Matematyki Uniwersytetu w Usti nad Łabą (Czechy). Później do współorganizacji przystąpili: Instytut Matematyki Akademii Pedagogicznej (obecnie Uniwersytet Pedagogiczny) w Krakowie oraz Katolicki Uniwersytet w Ružomberku na Słowacji. W 2009 roku konferencja zmieniła nazwę na „Polish-Czech-Slovak Mathematical Conference”.
Założycielem i pierwszym dyrektorem Instytutu był doc. Dr Czesław Ginalski, który pełnił tę funkcję do 1992 roku. W latach 1992 – 1996 Instytutem kierował dr Piotr Borowik. Od 1996 roku dyrektorem Instytutu jest dr Tadeusz Kostrzewski.
Aktualnie (w roku akademickim 2009/2010) kadrę Instytutu Matematyki i Informatyki tworzy 28 nauczycieli akademickich, w tym czterech profesorów, dwóch doktorów habilito-wanych oraz osiemnastu doktorów.
